黔东南州博物馆的建筑形式颇有民族特色，中央塔楼采用侗族鼓楼重檐形式，东西塔楼采用苗族吊脚楼形式，以外观来强调黔东南是“苗侗之乡”，整个博物馆由“黔东南概貌馆”、“少数民族风情馆”、“少数民族服饰馆”、“龙舟馆”和“现代民间工艺美术馆”等主题馆组成。三楼、四楼是主要的开放展览区域。由于黔东南的主要人口构成是苗族和侗族，所以博物馆里最重要的是“少数民族风情馆”和“少数民族服饰馆”中的苗族和侗族展厅，这两个馆通过图、表、实物按历史、不同分支、习俗等作分类，陈列了很多反应苗、侗两族日常或难得一见的各种实物，对苗族和侗族的文化、传统、历史等都进行了很好的展现。
整个博物馆的镇馆之宝在苗族展厅里，里面陈列了一件剑河的锡绣作品，用锡丝作为原料，用传统的绣法做成一件让人叹为观止的苗装，显示了生活在剑河一带的苗族人高超的刺绣水平。另外一个常规展出以黔东南不同的市县为展览单位，呈现当地特色风情，但是布展没有民族馆那么细致精美。
如果你是四五个人结伴同行，则会有博物馆馆员免费领着你逛博物馆，经过他们的讲解，可以获得更加清晰的信息。当然了，参观完博物馆之后，馆员会带你去一楼参观工艺品店，这里面店家的手工艺品品相都不错，但价格稍贵。馆员不会强迫你购买，你随意即可。在这里还能找到黔东南本土书籍、明信片这类的印刷出版物，可以带回去作为礼物。
